隱藏式齒列矯正和治療傳統式（外側式）的齒列矯正治療一樣，矯正器剛黏上的初期都有一段短時間的不方便（不習慣）。隱藏式是舌頭的適應，傳統外側式是口唇、頰黏膜的適應。兩者適應的位置及範圍都不一樣。所以嚴格說起來，隱藏式齒列矯正治療的不方便和傳統外側式的矯正治療是大同小異的，都須要有適應期，不管對吃飯、講話、刷牙等初期都須要適應，但適應期都不會很長，大致在幾天至一星期內都能很快適應下來。

治療的高度隱蔽性，絕不影響美觀破壞形象。甚至在矯正治療中去結婚，也不會因為矯正治療而有任何妨礙。 隱藏式治療較外側式治療較不易引起蛀牙。由於人體口腔構造，在內側有唾液腺開口，因此口腔內側（舌側）常有口水流動，食物殘渣常受口水的沖洗所以較不易停留，引起蛀牙。另一方面口腔內側由於舌頭的活動頻繁（講話、吃東西、吞口水）等，因此口腔內側如黏上矯正器的話，它的自淨作用非常好，所以隱藏式齒列矯正治療比外側式齒列矯正治療較不易引起蛀牙。
隱藏式的治療除了舌頭的適應之外，嘴唇及頰黏膜並不會因為運動或發生意外撞擊時，而容易受傷；不會像外側式治療一樣矯正器黏於外側容易摩擦，而發生潰瘍（嘴破）。
隱藏式的治療，由於矯正器黏在牙齒的內側（背面），因此對於有不良舌癖的人（在吞嚥的時候或講話時，舌頭不自覺的把牙齒由內往外推或舌頭喜歡去舔嘴唇的人）在黏上矯正器後，如果舌頭還有此不良的動作的話，則舌頭會痛，因此無形中，有抑制不良舌癖的作用。

治療初期有輕微的發音影響，須要短時間（幾天～一星期）的適應，這其中完全沒有影響的人也大有人在。
在牙齒的背後黏上矯正器之後，由於舌頭的活動空間突然變狹窄，因此在矯正初期舌頭的習慣，吃東西的習慣，都須要幾天的適應期，但通常都不會超過一個星期。相反的，在矯正治療完成矯正器拆掉後，舌頭的活動空間又變大，病人會感覺到口腔內很自由，很舒暢。
一般暴牙且附帶有深咬的人，由於治療中必須先克服深咬，才能做常規的治療程序，因此治療時間比一般外側式的治療容易拉長半年～一年。

不管隱藏式齒列矯正治療或外面式齒列矯正治療，通常產生痛，有二種原因，其一是醫師放進去的鋼線力量太強，超出了牙齒的負荷量，所產生的痛。其二是鋼線的某個部位會刺到舌頭或壓到牙齦，頰黏膜所產生的痛。一般遇到以上兩種情形時，病人可直接向醫師反應，而醫師可立即把力量降低或把刺到，壓到的地方處理掉，則您的隱藏式齒列矯正治療將會是一種無痛，愉快的療程。

隱藏式齒列矯正治療在開始治療以後，本診所會提供您，隱藏式專用的牙刷，醫師也會親切的指導您正確的刷牙方法。在經過學習，練習與習慣之後如果有人還是覺得刷得不盡理想的話，我們會建議您使用矯正專用的電動牙刷，有必要時，甚至可以配合沖牙機及齒間刷來輔助清潔。

隱藏式齒列矯正治療的材料費基本上比外側式矯正治療的材料費高，另一方面在治療上，隱藏式齒列矯正治療也比外側式治療難，治療的操作上也較不容易，因此整體來講隱藏式齒列矯正治療的費用比外側式齒列矯正治療的費用較高。但是實質上，了解它的價值感的人，並不認為它較貴。真正需要它的人，在想起外側式治療的種種缺點更會認為舌側矯正較便宜。